Τα Τομεακά Επιχειρησιακά Προγράμματα (ΕΠ) αφορούν ένα ή περισσότερους τομείς της οικονομικής και κοινωνικής ζωής και έχουν ως γεωγραφικό πεδίο εφαρμογής όλη τη χώρα.

Πιο συγκεκριμένα τα Τομεακά Επιχειρησιακά Προγράμματα του ΕΣΠΑ 2014-2020 είναι τα εξής:

• ΕΠ Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα και Καινοτομία
  
  
• ΕΠ Υποδομές Μεταφορών, Περιβάλλον και Αειφόρος Ανάπτυξη
  
  
• ΕΠ Ανάπτυξη Ανθρώπινου Δυναμικού, Εκπαίδευση και Διά Βίου Μάθηση
  
  
• ΕΠ Μεταρρύθμιση Δημόσιου Τομέα
  
  
• ΕΠ Τεχνική Βοήθεια
  
  
• Πρόγραμμα Αγροτικής Ανάπτυξης
  
  
• ΕΠ Αλιείας και Θάλασσας