Το ΕΣΠΑ, εκτός από τα τομεακά προγράμματα, περιλαμβάνει 13 πολυτομεακά και πολυταμειακά Περιφερειακά Επιχειρησιακά Προγράμματα (ΠΕΠ). Κάθε μία από τις ελληνικές Περιφέρειες αποτελεί αντικείμενο ενός περιφερειακού προγράμματος που περιλαμβάνει έργα και δράσεις περιφερειακής κλίμακας, αξιοποιεί τα τοπικά πλεονεκτήματα και χρηματοδοτείται από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης (ΕΤΠΑ) και το Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο (ΕΚΤ).

Τα 13 Περιφερειακά Επιχειρησιακά Προγράμματα είναι:

• ΠΕΠ Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης
  
  
• ΠΕΠ Κεντρικής Μακεδονίας
  
  
• ΠΕΠ Δυτικής Μακεδονίας
  
  
• ΠΕΠ Ηπείρου
  
  
• ΠΕΠ Θεσσαλίας
  
  
• ΠΕΠ Ιονίων Νήσων
  
  
• ΠΕΠ Δυτικής Ελλάδας
  
  
• ΠΕΠ Στερεάς Ελλάδας
  
  
• ΠΕΠ Αττικής
  
  
• ΠΕΠ Πελοποννήσου
  
  
• ΠΕΠ Βορείου Αιγαίου
  
  
• ΠΕΠ Νοτίου Αιγαίου
  
  
• ΠΕΠ Κρήτης

Το κοινό τους σημείο είναι η ενίσχυση της δυνατότητας των περιφερειακών και τοπικών αρχών να εφαρμόσουν ένα πλήρες φάσμα δράσεων που στοχεύουν να εξυπηρετήσουν τις κύριες προτεραιότητες του ΕΣΠΑ.

Επιπλέον, στις Περιφέρειες θα εκχωρηθεί η διαχείριση σημαντικών πόρων του Ταμείου Συνοχής για το Περιβάλλον και κυρίως πόρων που θα κατευθυνθούν στην κάλυψη των υποχρεώσεων της χώρας και των Περιφερειών που αφορούν στα υγρά απόβλητα, ενώ στις 13 Περιφέρειες εκχωρείται επίσης από το Τομεακό Πρόγραμμα της Αγροτικής Ανάπτυξης η διαχείριση περίπου 30% των πόρων του Προγράμματος Αγροτικής Ανάπτυξης.